El espacio principal es donde se encuentra el altar signo de Cristo.
Con la reforma del Concilio Vaticano II el templo necesitóadaptarse a las exigencias de la liturgia. Es así que en 1972 se realiza la primera adaptación por parte del Arq. Rius, que consistió en adelantar el presbiterio y colocar el altar debajo de la cúpula sobre una tarima de madera para que las personas tuvieran una mayor visibilidad y participación en el misterio.
La reforma que vemos actualmente es de 2001 y fue realizada a instancias del Sr. Arzobispo Mons. Nicolás Cotugno por el estudio de los arquitectos Colet-Neri. El nuevo presbiterio se enmarca en el ancho de la nave central llegando de pared a pared y cubriendo la escalera de acceso al antiguo presbiterio destacándose en gran superficie semicircular en el frente con dos escalones. Está recubierto de fieltro rojo y con terminaciones de madera molduradas.
Un poco desplazado del centro se encuentra el altar, obra de Fernando Izquierdo, rodeado de relieves, tres de los cuales, el del frente y los laterales, fueron realizados sobre dibujos del Padre Edison Noguéz. El altar es del año 1981 y fue consagrado por Mons. Carlos Parteli el 27 de setiembre de ese mismo año.
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También en el presbiterio se encuentra el ambón que es el lugar desde donde se proclama la palabra. Este es de madera con tallas como las del altar y fue realizado por el mismo escultor, sobre diseños del Pbro. Gonzalo Estévez, en el año 1998. Completando este espacio se destaca la cátedra del Arzobispo, que es de mármol y fue colocada en el lugar donde se encuentra actualmente en la última reforma del presbiterio. Esta cátedra fue donada por los fieles a Mons. Aragone en 1922 y se encontraba adosada a la pared en el antiguo presbiterio.