El espacio principal es donde se encuentra el altar signo de Cristo.
Con la reforma del Concilio Vaticano II el templo necesitóadaptarse a las exigencias de la liturgia. Es así que en 1972 se realiza la primera adaptación por parte del Arq. Rius, que consistió en adelantar el presbiterio y colocar el altar debajo de la cúpula sobre una tarima de madera para que las personas tuvieran una mayor visibilidad y participación en el misterio.
La reforma que vemos actualmente es de 2001 y fue realizada a instancias del Sr. Arzobispo Mons. Nicolás Cotugno por el estudio de los arquitectos Colet-Neri. El nuevo presbiterio se enmarca en el ancho de la nave central llegando de pared a pared y cubriendo la escalera de acceso al antiguo presbiterio destacándose en gran superficie semicircular en el frente con dos escalones. Está recubierto de fieltro rojo y con terminaciones de madera molduradas.
Un poco desplazado del centro se encuentra el altar, obra de Fernando Izquierdo, rodeado de relieves, tres de los cuales, el del frente y los laterales, fueron realizados sobre dibujos del Padre Edison Noguéz. El altar es del año 1981 y fue consagrado por Mons. Carlos Parteli el 27 de setiembre de ese mismo año.
También en el presbiterio se encuentra el ambón que es el lugar desde donde se proclama la palabra. Este es de madera con tallas como las del altar y fue realizado por el mismo escultor, sobre diseños del Pbro. Gonzalo Estévez, en el año 1998. Completando este espacio se destaca la cátedra del Arzobispo, que es de mármol y fue colocada en el lugar donde se encuentra actualmente en la última reforma del presbiterio. Esta cátedra fue donada por los fieles a Mons. Aragone en 1922 y se encontraba adosada a la pared en el antiguo presbiterio.