También en el presbiterio se encuentra el ambón que es el lugar desde donde se proclama la palabra. Este es de madera con tallas como las del altar y fue realizado por el mismo escultor, sobre diseños del Pbro. Gonzalo Estévez, en el año 1998. Completando este espacio se destaca la cátedra del Arzobispo, que es de mármol y fue colocada en el lugar donde se encuentra actualmente en la última reforma del presbiterio. Esta cátedra fue donada por los fieles a Mons. Aragone en 1922 y se encontraba adosada a la pared en el antiguo presbiterio.
ESPACIOS DE CELEBRACIÓN
Presbiterio y Altar
El espacio principal es donde se encuentra el altar signo de Cristo.
Con la reforma del Concilio Vaticano II el templo necesitóadaptarse a las exigencias de la liturgia. Es así que en 1972 se realiza la primera adaptación por parte del Arq. Rius, que consistió en adelantar el presbiterio y colocar el altar debajo de la cúpula sobre una tarima de madera para que las personas tuvieran una mayor visibilidad y participación en el misterio.
La reforma que vemos actualmente es de 2001 y fue realizada a instancias del Sr. Arzobispo Mons. Nicolás Cotugno por el estudio de los arquitectos Colet-Neri. El nuevo presbiterio se enmarca en el ancho de la nave central llegando de pared a pared y cubriendo la escalera de acceso al antiguo presbiterio destacándose en gran superficie semicircular en el frente con dos escalones. Está recubierto de fieltro rojo y con terminaciones de madera molduradas.
Un poco desplazado del centro se encuentra el altar, obra de Fernando Izquierdo, rodeado de relieves, tres de los cuales, el del frente y los laterales, fueron realizados sobre dibujos del Padre Edison Noguéz. El altar es del año 1981 y fue consagrado por Mons. Carlos Parteli el 27 de setiembre de ese mismo año.
Retablo del antiguo Altar Mayor
En el ábside se encuentra el retablo y el antiguo altar mayor. El retablo fue realizado por Serapio Sienra en 1877-1878 en madera de nogal y permaneció sin dorar hasta el año 1885, en que Juan Viñals lo decora dorando alguna de sus partes. Está compuesto por cuatro hornacinas, tres alineadas en la parte central dando primacía a la del medio que se encuentra un poco más alta y una que lo corona.
Las hornacinas centrales están flanqueadas por columnas de orden corintio con fuste estriado y todo el retablo está ornamentado con diferentes relieves en madera que hacen alusión a los Santos Patronos San Felipe y Santiago, y a elementos devocionales y sacros de la iglesia romana.
En las hornacinas se encuentran las imágenes de los patronos presididos en la hornacina central por la Inmaculada Concepción, una hermosa talla mandada traer de Italia por el Padre José Benito Lamas en 1854 y colocada en el lugar que ocupa actualmente en 1864. A sus constados están las imágenes de San Felipe y Santiago, traídas por don Teodoro Rissig en 1867, y en la hornacina superior se ve la imagen del ángel Custodio de la República que llegó en 1883 comprada en la casa A. Luffre de París. La imagen de la Santísima Virgen, sustituyo sin dudas a la que hoy se conoce bajo la advocación de Nuestra Señora de la Fundación, que es la más antigua que existe en el templo, junto con las de San Felipe y Santiago, imágenes de vestir que trajera a fines del Siglo XVIII Don Melchor de Viana, sustituidas luego por las que vemos actualmente.
El Retablo es coronado por un casquete al estilo renacentista. Los colores que lucen actualmente el retablo y las imágenes, les fue dado por Ignacio Puig cuando los restauró en 1953. El altar al que le hace fondo el retablo, fue también restaurado en ese tiempo y se inauguró junto con la restauración de este, ambos en abril de 1954. En él se encuentra una pieza de notable valor como lo es la custodia colonial de plata de más de un metro de alto. Es una de las joyas más valiosas en lo que respecta al patrimonio de la Catedral. En el antiguo presbiterio también se puede ver el carrillón de escala de campanas que se usó desde siempre en la solemne misa de la Vigilia Pascual.
La capilla del Santísimo Sacramento
Esta capilla era antiguamente llamada capilla de Los Dolores, porque en ella se veneraba la imagen de nuestra Señora de los Dolores, a quién, nuestro primer Obispo profesaba una gran devoció
n. Es un espacio circular de aproximadamente once metros de diámetro, que se construyó al mismo tiempo que el templo y que se tiene acceso a través de él por una gran arcada. Durante la década del sesenta adquirió el aspecto que presenta actualmente, cubriéndose sus paredes con mármol hasta la altura de la cornisa y dominado el espacio interior cuatro grandes hornacinas flanquadas por sus respectivas pilastras, donde apareen las figuras de los evangelistas realizadas en medallones de bronce; San Lucas y San Juan obras de José Luis Zorrilla de San Martín, y San Mateo y San Marcos obras de Ramón Cuadra Cantera.
Sobre la pared norte, de frente al acceso a la capilla, está el altar de la Virgen de la Fundación. Esta se encuentra en una pequeña hornacina, de mármol travertino como el de las paredes, con una placa a sus pies donde reza la leyenda explicativa de su advocación.
La pieza fundamental de toda la capilla, junto con la Vírgen de la Fundación, es el altar del Santísimo Sacramento realizado en 1939 por el escultor Pasquino Bacci. Es de mármol de carrara estatuario con algunas incrustaciones en ónix y bronce. Se destaca el sagrario de base octogonal, que es una pieza en forma de templete, con puerta de bronce dorado donde aparece en relieve un cáliz y una hostia, enmarcada con símbolos propios de la eucaristía. A los costados de la puerta pueden verse dos figuras pequeñas de ángeles en actitud de oración. Encima de la puerta está tallada una paloma símbolo del Espíritu Santos. En la parte delantera debajo de la mesa del altar esta esculpida la santa cena basada en el cuadro de Leonardo da Vinci. Todo el conjunto se remata con un pequeño crucifijo sobre el Sagrario. La cúpula fue demolida y vuelta a rehacer durante el tiempo de restauración, y se consolidó la bóveda, para lo cual hubo que demoler la falsa bóveda de yeso pintada por Pío Collivadino.
En este espacio sobre la pared Este, se encuentra tallada una cruz, copia del pectoral que le ofrecieron los fieles a Mons. De Santiago, cuando lo nombraron Protonotario Apostólico, quiere ser también un homenaje a su figura y a la entrega que tuvo en lo referente a la vida pastoral de la parroquia como a la restauración del templo. Debajo de la cruz aparece grabada en la pared una leyenda que alude a la divinidad de Cristo y a la majestad de su gloria. En este espacio están sepultados el General Venancio Flores y el Cardenal Antonio María Barbieri.