Este espacio de forma rectangular contiene en su interior la fuente bautismal comúnmente llamada pila bautismal. Por el bautismo los cristianos pasamos a formar parte de la comunidad cristiana y nos iniciamos a una nueva vida, la que viene de Cristo.

Por lo tanto, el elemento que domina este espacio es la pila bautismal de mármol realizada en Italia por Salvador Jiménez en 1842 y costeada por donaciones. Es una pieza de mármol blanco, donde se destaca la fuente propiamente dicha, sostenida por una columna de base cuadrara con pilastras de estilo jónico y fuste estriado.

Debajo de ellas, en las cuatro caras, puede leerse las siguiente inscripción: “Cura Rector J. B. Lamas, Marzo 26, 1842. Salvador Jiménez.” La fuente está rodeada por una balaustrada de mármol sobre la que se encuentran esculpidos dos niños que portan los símbolos de la liturgia del bautismo, uno la jarra de agua y otro el óleo de los catecúmenos y el santo crisma. Este último que se encuentra en la balaustrada de la izquierda (mirando el conjunto de frente), es de mejor factura que el otro. Todo este conjunto está apoyado sobre una tarima circular que tiene dos escalones de acceso.

Al fondo sobre la pared de respaldo, se encuentra encima de una repisa de mármol la escena del Bautismo de Cristo, tallada en mármol de carrara. Por el estilo es posible darse cuenta que no pertenece a las piezas del conjunto, sino que fue realizada tardíamente e incluso es posible decir que Bacci fue quien la talló. La pared del recinto es estucada presentando paneles de tonalidades bordeaux, salpicados en azules y cremas. El techo tiene una tonalidad verdosa con apliques en dorado a la hoja, lo mismo que los capiteles de las pilastras. En el año 2003 fue restaurado totalmente y se quitó la araña que lo adornaba, instalando otro tipo de iluminación.

El baptisterio conoció diferentes decoraciones desde la de 1860 en que lo decora Agostinelli, hasta llegar a la actual que es de 1931, realizada por el decorador Servetti. En este espacio se encuentra desde el año 2004, la antigua pila bautismal realizada en una sola pieza de piedra por el picapedrero y artista Juan de Miranda en 1753. Además de unirse a la historia del templo, queda ligada a la historia patria porque en ella fue bautizado el héroe nacional José Artigas.