En 1858 es revocada la fachada y la cúpula por el arquitecto italiano Bernardo Poncini, y este arreglo definirá en cierta forma su estética visual que será reformada años más tarde, sin perder la estructura lineal que le dejara Poncini.
Pasados algunos años en 1905 Llambías de Olivar va a revocar nuevamente el frente cambiando el mortero de Poncini, pero no alterando en nada lo que este había realizado.
El reloj que luce en la torre sur fue inaugurado el 25 de diciembre de 1861 y tiene dos esferas, una que da al este y otra al oeste. Primeramente se iluminaban con lámparas de gas. Pasado el tiempo la electricdad se dará paso para la iluminación.
En 1870 se le confiere el título de Basílica Menor. El 13 de Julio de 1878 es elevada a Catedral al ser nombrado Jacinto Vera (1813-1881) primer Obispo del Uruguay por el Papa Pío IX. Había sido ordenado obispo en 1865 dándosele el titulo de Obispo de Megara. Pastor infatigable que recorrió toda la republica misionando, y así lo encontró la muerte. El pueblo decía de su santidad, de su amor y de su entrega, por lo que fue introducida la causa de canonización.
El 19 de abril de 1897 se la designa como Basílica Metropolitana al nombrar las diócesis sufragáneas e Salto y Melo, siendo su primer Arzobispo Mons. Mariano Soler (1856-1908) hombre sabio que dirigió los destinos de su iglesia con firmeza y dulzura, peregrino constante a Tierra Santa, donde con dinero de uruguayos y argentinos adquirió un predio en los Jardines del Rey Salomón y levantó un orfanato. Su cultura fue destacada siendo uno de los hombres más sabios que ha dado la iglesia y el país. Escribió numerosos libros y cartas pastorales. El primer obispo y el primer arzobispo, descansan también bajo las bóvedas del templo junto con los que fueron sus sucesores.
En lo que respecta a su arquitectura también tuvo que ser restaurada profundamente, y esto se realizó entre los años 1941 y 1963, interviniendo destacados arquitectos que con intensos estudios le devolvieron al edificio las líneas que lo caraterizaban y consolidaron su arquitectura para que la podamos ver como hoy. Estos arquitectos fueron Ruano que arregló la fachada y Armas que consolidó las bóverdas, rehizo la cúpula y la capilla del Santísimo.